根據香港危重病醫學會的指引及醫院管理局的資料，診斷腦死亡包含多個考慮要點及步驟。
首先，診斷腦死亡之前，要符合一定的先決條件：
1. 符合導致腦死亡的嚴重腦外傷診斷
病人的狀況應當毫無疑問由不可補救的腦部實質結構損傷造成，應當完全確認一個可導致腦幹死亡的疾病。換言之，要有明確的原因，並排除各種可康復的因素。其中對於發自顱內的問題，例如嚴重頭部外傷或自發性顱內出血等病人，可能於數小時內明顯已出現不可逆轉的損傷；但是，對於發自非顱內的問題，例如心跳驟停或低氧血症等情況，則可能需要更長時間來確定是否腦死亡
2. 病人因窒息而需要人工呼吸機輔助
病人無反應及無自主呼吸。惟必須排除窒息是由肌肉鬆弛藥（神經肌肉阻斷劑）或其他藥物導致的可能性
進而要確認不是以下原因導致昏迷（皆因這些情況俱可治療）：
1. 抑制中樞神經系統的藥物或毒物
2. 原發性低溫症
3. 代謝失調和內分泌的失調（例如嚴重電解質紊亂或內分泌失調）
4. 低血壓
接著醫生進行以下七項腦幹功能臨床測試，適用於成人。反射消失或沒有反應，表示腦幹反射完全消失：
1. 雙側瞳孔固定，直徑等於或超過4毫米，對光線強度的改變並無反應
2. 雙側角膜反射均消失
3. 前庭視反射（vestibuloocular reflex）消失：若病人外耳道沒有受損並通暢，醫生會在一側或雙側外耳道交替緩慢注入最少20毫升冷水。如果雙側眼球在過程之中或之後均無運動，則可以確認此反射消失
4. 在給予足夠強度的痛刺激之後，均不能引起三叉神經分佈區的動作反應
5. 嘔吐反射消失
6. 咽反射消失
7. 窒息試驗：應最後進行，病人脫離呼吸機後不能自主呼吸
若因故未能進行上述測試，醫生可採用其他測試例如「腦數碼減影血管造影」來檢查病人腦部的血流情況。如沒有血液流動，即表示腦死亡。
此外，病人若已確診腦死亡，也會出現流汗、臉面潮紅、心動過速或血壓正常等情況，不表示病人康復有望。相反，若病人出現抽搐等情況，則表示病人沒有真正完全腦死亡。
判定腦死亡，還需要觀察一段時間，長短視乎導致昏迷的原因而定，但不能少於4小時（心跳呼吸驟停之後引發腦死亡的病人，觀察時間最少要24小時）。此外，還必須由兩名資深而與器官移植事務無關的醫生，先後測試共兩次，才能作準。
關於兩名診斷腦死亡醫生的資格，其中一人必須是相關專科醫學院認可及指派的專家，並具備確定腦幹死亡診斷的相關專業技能與知識。通常包括深切治療科專科醫生、危重病學專科醫生、腦神經科專科醫生或神經外科專科醫生。另一名醫生最好亦具備上述條件，或至少有6年執業資格，且同樣有確定腦幹死亡診斷的相關專業技能及知識。此外，授權切除器官或執行切除的醫生，均不得負責確定腦死亡的診斷，以防利益衝突。
參考文獻：
1. 香港危重病醫學會：通過診斷腦幹功能永久性喪失以證明死亡的指引（2009年）http://www.hksccm.org/images/stories/PositionStatement/brain%20death%20guidelines%20traditional%20chinese%20version%202010.pdf
2. 醫院管理局：「腦死亡」單張。器官移植聯絡服務編（2009年）